O Programa de Pós-Graduação em Dinâmica dos Oceanos e da Terra foi estabelecido em 2012, contudo sua origem remonta a 1969, quando foi fundado o Laboratório de Geologia Marinha (LAGEMAR), dedicado ao estudo geológico e geofísico integrado do fundo submarino desde a borda continental até o oceano profundo.  Os pesquisadores do LAGEMAR reativaram o Departamento de Geologia da Universidade Federal Fluminense em 1984 e criaram o curso de Especialização (1986) e posteriormente o Mestrado (1991) e o doutorado (2001) estabelecendo o Programa de Pós-Graduação em Geologia e Geofísica Marinha. Com o oferecimento do curso de Graduação em Geofísica da UFF, houve a ampliação do escopo de pesquisas e ensino do novo Departamento de Geologia e Geofísica a partir de 2005, com o fortalecimento das investigações em geofísica aplicada e geologia do petróleo. Em 2012, novos professores e pesquisadores do Departamento de Biologia Marinha da UFF foram incorporados e foi feita a reformulação das áreas de concentração e linhas de pesquisa do novo Programa de Pós-Graduação em Dinâmica dos Oceanos e da Terra, com foco nas áreas de ciências da Terra e ambiental.